Inkomsterna disponeras av Bolagsverket. Avgifternas storlek inom uppdragsverksamheten bestäms av myndigheten och övriga avgifter bestäms av regeringen i författning eller genom internationella avtal.
Förseningsavgifter som härrör från aktiebolag vilka inte lämnat in sin årsredovisning i tid får användas av myndigheten dels för att finansiera utgifter för administrationen av dessa avgifter, dels för att finansiera utgifter för den informationsverksamhet myndigheten bedriver för att uppmärksamma aktiebolagen på reglerna för inlämnande av årsredovisningar. Uppkommet överskott redovisas under statsbudgetens inkomsttitel 2529: Avgifter vid Patent- och registreringsverket och Bolagsverket. Uppkommet överskott inklusive ränta skall senast 15 dagar efter varje månadsskifte betalas in till statsverkets checkräkning. Med uppkommet överskott avses faktiskt influtna medel med avdrag för uppkomna utgifter. Intäkterna av förseningsavgifterna budgeteras till drygt 72 miljoner kronor och överskottet till drygt 61 miljoner kronor.
Influtna medel som rör stämpelskatt avseende företagsinteckningar skall betalas in till statsverkets checkräkning månadsvis inklusive ränta, senast 15 dagar efter månadsskifte. Skatteinkomsterna redovisas under statsbudgetens inkomsttitel 1341: Stämpelskatt. Budgeten för stämpelskatt uppgår till 230 miljoner kronor.
Beträffande avgifter i verksamheten som grundas på beslut av internationell organisation, skall samråd med Ekonomistyrningsverket inte ske.
Avgifterna skall framgå tydligt i en särskild avgiftslista som skall finnas lätt tillgänglig.
Kommentar till tabell angående beräknad budget för avgiftsbelagd verksamhet
Över/underskott tom 2003: Bolagsverket bildades den 1 juli 2004 efter delningen av Patent- och registreringsverket och det ackumulerade underskottet avser resultatet vid delningstidpunkten. Underskottet är framför allt hänförbart till IT-projektet Bolit.
Över/underskott 2004: Avser förväntat resultat under det andra halvåret 2004.