ESV:s generaldirektör är Mats Wikström.
I ledningsgruppen ingår generaldirektören, stabschefen och avdelningscheferna.
Avdelningar
Utifrån sakfrågor är ESV indelat i följande avdelningar:

ESV:s insynsråd
ESV:s insynsråd utses av regeringen och fungerar som rådgivare åt generaldirektören. Rådets uppgift är att medverka till att verksamheten kan bedrivas effektivt och i överensstämmelse med verksamhetens syfte. Ordförande för rådet är generaldirektören.